תוֹכֶן
כשמדובר במדידת אורך שברי DNA, שהם קטנים בהרבה מתאים, מיקרוביולוגים זקוקים לטריק, והנוח ביותר הוא אלקטרופורזה ג'ל. שיטה זו מסתמכת על העובדה כי שברי DNA טעונים, והיא מהווה אלטרנטיבה לשיטות יקרות יותר, כגון קריסטלוגרפיה של רנטגן, שהייתה אחראית לגילוי מבנה הסליל הכפול של ה- DNA.
כיצד פועלת אלקטרופורזה ג'ל
מכיוון שמולקולות DNA טעונות, הן מושפעות על ידי זרם חשמלי. כאשר מכניסים אותם לג'ל ניטרלי ומניחים זרם לרוחב הג'ל, המולקולות נודדות לכיוון האלקטרודה החיובית (האנודה). מכיוון שמולקולות DNA בגדלים שונים נושאות את אותה מטען, הקטנות יותר נעות מהר יותר, ולכן תהליך זה מפריד בין המולקולות ללהקות שניתן להשוות לדגימות בגדלים ידועים.
נוהל אלקטרופורזה בסיסי
הג'ל עשוי בדרך כלל מאגרוזה, פוליסכריד שכאשר הוא מחומם בתמיסת חיץ נוצר ג'ל חצי מוצק, נקבובי מעט. בקצהו, הג'ל יוצר התמרמרות זעירות המכונות בארות בהן החוקר מציב את דגימות ה- DNA הנבדקות, יחד עם דגימות התייחסות באורך ידוע, המכונות סולם DNA. אורכי שברי הסולם נקבעו מראש בשיטה אחרת, כמו קריסטלוגרפיה של רנטגן.
כאשר הג'ל טובל בתמיסה מוליכה ומתח מתח, השברים מתחילים לנדוד דרך הג'ל - הקטנים יותר ראשונים והגדולים והאיטיים יותר מאחור. בסופו של דבר הם מתגבשים ללהקות דמויי ספקטרום לפי גודל.
ברגע שזה קורה, החוקר מכבה את הכוח, מחדיר את הג'ל בצבע מחייב DVA ובוחן את הדגימות תחת אור אולטרה סגול. באמצעות הסולם כתייחסות, החוקר יכול לקבוע את גודל כל השברים ברצועה הנראית לעין. רק להקות גלויות - שברי DNA בודדים קטנים מכדי לראותם.
קביעת אורכי שברים לא ידועים
רוב הסיכויים שלא כל להקה במדגם מזדווגת עם רצועה בסולם, ולכן כדי לקבוע את הגדלים של השברים הלא ידועים הללו, בדרך כלל מדענים מתווים גרף. על ציר ה- x נמצא המרחק שעבר כל פס בסולם במילימטרים, ואילו על ציר ה- Y גודל של כל פס. כאשר הנקודות מחוברות על ידי עקומה, ניתן להאריך את גודל כל רצועה מהעקומה לאחר מדידת המרחק שנסעה על ידי אותה רצועה במילימטרים.