תוֹכֶן
לא משנה אם אתה חדש בביולוגיה או חובב ותיק, רוב הסיכויים שמצוין כי כברירת מחדל, אתה רואה בחומצה deoxyribonucleic (DNA) אולי את התפיסה היחידה הכרחית ביותר בכל מדעי החיים. לכל הפחות, סביר להניח שאתה מודע לכך ש- DNA הוא זה שמייחד אותך בין מיליארדי האנשים על פני כדור הארץ, נותנים לו תפקיד בעולם הצדק הפלילי כמו גם במרכז הבמה בהרצאות ביולוגיה מולקולרית. למדת כמעט בוודאות ש- DNA אחראי לספק לך את כל התכונות שירשת מההורים שלך, וכי ה- DNA שלך הוא המורשת הישירה שלך לדורות הבאים, אם יהיה לך ילדים.
מה שאתה אולי לא יודע הרבה עליו הוא הנתיב שמחבר את ה- DNA בתאים שלך לתכונות הפיזיות שאתה מגלה, גלוי ומוסתר, וסדרת הצעדים לאורך אותו מסלול. ביולוגים מולקולריים ייצרו את המושג "דוגמה מרכזית" בתחומם, שניתן לסכם בפשטות כ- "DNA ל- RNA לחלבון". החלק הראשון של תהליך זה - יצירת RNA, או חומצה ריבונוקלאית, מ- DNA - מכונה תעתיק, והסדרה הזו שנלמדה ומתואמת היטב של התעמלות ביוכימית היא אלגנטית כמו שהיא מעמיקה מדעית.
סקירה כללית של חומצות גרעין
DNA ו- RNA הם חומצות גרעין. שניהם הם בסיסיים לכל החיים; מקרו-מולקולות אלה קשורות קשר הדוק מאוד, אך הפונקציות שלהן, אף ששזורות זו בזו להפליא, הן שונות ומיוחדות מאוד.
ה- DNA הוא פולימר, כלומר הוא מורכב ממספר גדול של יחידות משנה חוזרות. יחידות משנה אלה אינן זהות בדיוק, אך הן זהות בצורה. שקול מחרוזת חרוזים ארוכה המורכבת מקוביות המגיעות בארבעה צבעים ומשתנות במידה כה קטנה כל כך, ותקבל תחושה בסיסית של אופן הסדר של ה- DNA וה- RNA.
המונומרים (יחידות משנה) של חומצות גרעין ידועות כ נוקליאוטידים. נוקליאוטידים עצמם מורכבים משלשות של שלוש מולקולות שונות: קבוצת פוספטים (או קבוצות), סוכר בעל חמש פחמן ובסיס עשיר בחנקן ("בסיס" לא במובן של "בסיס", אלא שמשמעותו "מקבל מימן-יון") ). לגרעינים המרכיבים חומצות גרעין יש קבוצת פוספט אחת, אך בחלקם יש שניים ואפילו שלושה פוספטים המחוברים בשורה. המולקולות אדנוזין דיפוספט (ADP) ו- אדנוזין טריפוספט (ATP) הן נוקלאוטידים בעלי חשיבות יוצאת דופן במטבוליזם האנרגיה התאית.
DNA ו- RNA נבדלים זה מזה בכמה דרכים חשובות. האחד, בעוד שכל אחת ממולקולות אלה כוללת ארבעה בסיסים חנקניים שונים, ה- DNA כולל אדנין (A), ציטוזין (C), גואנין (G) ותימין (T), ואילו RNA כולל את השלושה הראשונים של אלה, אך מחליף אורציל (U) עבור T. שתיים, הסוכר ב- DNA הוא deoxyribose ואילו ב- RNA הוא ריבוז. ושלושה, ה- DNA הוא גדילי כפול בצורתו הכי יציבה אנרגטית, ואילו RNA הוא חד-גדילי. להבדלים אלה יש חשיבות עיקרית הן בתמלול באופן ספציפי והן בתפקודן של חומצות גרעין בהתאמה באופן כללי.
הבסיסים A ו- G נקראים פורינים, ואילו C, T ו- U מסווגים כפירימידינים. באופן ביקורתי, A נקשר לכימית, ורק ל- T (אם DNA) או U (אם RNA); C נקשר לג 'ורק. שני הגדילים של מולקולת DNA משלימים, כלומר הבסיסים בכל גדיל תואמים בכל נקודה לבסיס "הפרטנר" הייחודי בגדול הנגדי. לפיכך AACTGCGTATG משלים ל- TTGACGCATAC (או UUGACGCAUAC).
תעתיק DNA לעומת תרגום
לפני שמתעמקים במכניקה של תעתיק ה- DNA, כדאי לקחת רגע לסקור את המינוח הקשור ל- DNA ו- RNA, מכיוון שעם כל כך הרבה מילים שנשמעות דומות בתערובת, קל להיות לבלבל אותן.
שכפול הוא המעשה של יצירת עותק זהה למשהו. כשאתה מצלם מסמך כתוב (בית ספר ישן) או משתמש בפונקציה העתקה והדבקה במחשב (בית ספר חדש), אתה משכפל את התוכן בשני המקרים.
ה- DNA עובר שכפול, אך RNA, ככל שמדע מודרני יכול לברר, אינו עושה זאת; זה נובע רק מתמלול _._ משורש לטיני שפירושו "כתיבה לרוחב", שעתוק הוא קידודו של מסוים בעותק של מקור מקורי. יכול להיות ששמעת על תמלולנים רפואיים, שתפקידם להקליד בצורה בכתב את התווים הרפואיים שנעשו כהקלטת שמע. באופן אידיאלי, המילים, וכך גם האמורים, יהיו זהים לחלוטין למרות השינוי במדיום. בתאים, שעתוק כרוך בהעתקה של DNA גנטי, הכתוב בשפה של רצפי בסיס חנקניים, לצורת RNA - במיוחד, RNA messenger (mRNA). סינתזת RNA זו מתרחשת בגרעין התאים האוקריוטים, לאחר מכן ה- mRNA עוזב את הגרעין ופונה למבנה שנקרא ריבוזום שיעבור. תרגום.
בעוד שתמלול הוא הקידוד הפיזי הפשוט של מדיום שונה, תרגום, במונחים ביולוגיים, הוא ההמרה של הדבר לפעולה תכליתית. אורך של DNA או DNA בודד, הנקרא א גן, בסופו של דבר מביא לתאים המייצרים מוצר חלבון ייחודי. ה- DNA נשלח זאת בצורת mRNA, אשר לאחר מכן מוביל אותו לריבוזום כדי שיתורגם לייצור חלבון. בתצוגה זו mRNA הוא כמו כחול או סט של הוראות להרכבת רהיט.
זה בתקווה מנקה את כל התעלומות שיש לך לגבי חומצות גרעין שעושות. אבל מה עם התמלול בפרט?
שלבי התמלול
DNA, באופן די מפורסם, שזור לסליל כפול גדילים. אבל בצורה זו, יהיה קשה פיזית לבנות ממנו משהו. לכן, בסעיף חניכה בשלב (או שלב) של תעתיק, מולקולת ה- DNA מתפתלת על ידי אנזימים המכונים מסוקים. רק אחד משני גדילי ה- DNA הנוצרים משמש לסינתזת RNA בכל פעם. קווצה זו מכונה " ללא קידוד גדיל, מכיוון שבזכות הכללים של התאמת DNA ו- RNA, לחוטיק ה- DNA האחר יש את אותו רצף של בסיסים חנקניים כמו ה- mRNA שיש לסנתז, ובכך הופך את גדיל זה ל קידוד גדיל. בהתבסס על נקודות שהועלו בעבר, אתה יכול להסיק כי גדיל DNA ו- mRNA שהוא אחראי לייצור הם משלימים.
כאשר הגדיל מוכן כעת לפעולה, קטע של DNA המכונה רצף המקדם מציין היכן להתחיל בתעתיק לאורך הגדיל. האנזים RNA פולימראז מגיע למיקום זה והופך לחלק ממתחם מקדם. כל זאת כדי להבטיח שסינתזת mRNA תתחיל בדיוק במקום בו היא אמורה על מולקולת ה- DNA, וזה מייצר גדיל RNA המחזיק את המקודד הרצוי.
הבא, ב התארכות שלב, פולימנאז RNA "קורא" את גדיל ה- DNA, מתחיל ברצף המקדם ומתנועע לאורך גדיל ה- DNA, כמו מורה שעולה בשורה של תלמידים ומחלק בדיקות, מוסיף נוקלאוטידים לקצה הגדל של מולקולת ה- RNA החדשה.
הקשרים הנוצרים בין קבוצות הפוספטים של נוקליאוטיד אחד וקבוצת הריבוזה או הדוקסיריבוזה בגרעין הבא נקראים קישוריות פוספודיאסטר. שימו לב כי למולקולת DNA יש מה שנקרא קצה 3 ("שלוש-פריים") בקצה האחד וקצה 5 ("חמש-פריים") בקצה השני, כאשר המספרים הללו מגיעים ממקומי אטום הפחמן הסופי ב "טבעות". כאשר מולקולת ה- RNA עצמה גדלה בכיוון 3, היא נעה לאורך גדיל ה- DNA בכיוון 5. עליך לבחון תרשים כדי להבטיח לעצמך שאתה מבין היטב את המכניקה של סינתזת mRNA.
תוספת של נוקלאוטידים - ספציפית, נוקלאוזיד טריפוספטים (ATP, CTP, GTP ו- UTP; ATP הוא אדנוזין טריפוספט, CTP הוא ציטודין טריפוספט וכדומה) - לחוט ה- mRNA המתארך דורש אנרגיה. זה, כמו כל כך הרבה תהליכים ביולוגיים, מסופק על ידי קשרי הפוספטים בטרוספוספטים עצמם. כאשר נשבר הקשר הפוספט-פוספט האנרגטי העשיר, הנוקלאוטיד הנוצר (AMP, CMP, GMP ו- UMP; בנוקלאוטידים אלה, "MP" מייצג "מונופוספט") מתווסף ל- mRNA, וזוג מולקולות פוספט אורגניות. , בדרך כלל כתוב PPאני, תיפול.
כאשר מתרחשת שעתוק היא עושה זאת, כאמור, לאורך גדיל יחיד של DNA. עם זאת, שימו לב שמולקולת ה- DNA כולה אינה מתפתלת ונפרדת לחוטים משלימים; זה קורה רק בסביבה הישירה לתמלול. כתוצאה מכך ניתן לדמיין "בועת תמלול" הנעה לאורך מולקולת ה- DNA. זה כמו אובייקט שנע לאורך רוכסן שנמסר מעט לפני האובייקט על ידי מנגנון אחד בזמן שמנגנון אחר רוכסן מחדש את הרוכסן שבאובייקטים מתעורר.
לבסוף, כאשר ה- mRNA הגיע לאורכו וצורתו הנדרשת, ה- סיום שלב יוצא לדרך. כמו התחלה, שלב זה מופעל על ידי רצפי DNA ספציפיים המתפקדים כסימני עצירה עבור פולימראז RNA.
בחיידקים זה יכול לקרות בשתי דרכים כלליות. באחד מאלה, מועבר רצף ההפסקה, ויוצר אורך של mRNA המתקפל פנימה אל עצמו ובכך "מתקבץ" כאשר הפולימראז RNA ממשיך לעשות את שלו. חלקים מקופלים אלה של mRNA מכונים לעתים קרובות קווצות סיכות ראש, והם כרוכים בזיווג בסיס משלים במולקולת ה- mRNA החד-גדילית אך המעוותת. במורד הזרם מקטע סיכות שיער נמצא מתיחה ממושכת של בסיסי U או שאריות. אירועים אלו מכריחים את פולימראז ה- RNA להפסיק להוסיף נוקליאוטידים ולהתנתק מה- DNA, לסיום התעתיק. זה נקרא סיום עצמאי rho מכיוון שהוא אינו מסתמך על חלבון הידוע כגורם rho.
בהפסקה תלויה ב- rho, המצב פשוט יותר, ואין צורך בקטעי mRNA סיכות שיער או בשאריות U. במקום זאת, גורם ה- rho נקשר למקום הדרוש ב- mRNA ומושך פיזית את ה- mRNA הרחק מפולימראז RNA. בין אם סיום עצמאי או תלוי rho תלוי בגירסה המדויקת של פולימראז RNA הפועל על DNA ו- mRNA (קיימים מגוון סוגי תת) וכן חלבונים וגורמים אחרים בסביבה התאית המיידית.
שני מפגשי האירועים מובילים בסופו של דבר לכך שה- mRNA משתחרר מה- DNA בבועת התמלול.
פרוקריוטות לעומת אוקריוטות
קיימים הבדלים רבים בין שעתוק בפרוקריוטות (כמעט כולם חיידקים) לבין אוקריוטים (אורגניזמים רב-תאיים כמו בעלי חיים, צמחים ופטריות). לדוגמה, חניכה בפרוקריוטות כוללת בדרך כלל סידור בסיס DNA המכונה תיבת פריבנוא, כאשר רצף הבסיס TATAAT ממוקם בערך 10 זוגות בסיס מהמקום בו מתרחשת התחלת השעתוק עצמה. עם זאת, לאיקריוטות יש רצפי משפר הממוקמים במרחק ניכר מאתר החניכה, כמו גם חלבונים מפעילים המסייעים לעוות את מולקולת ה- DNA באופן שהופך אותה לנגישה יותר לפולימראז RNA.
בנוסף, התארכות מתרחשת בערך פי שניים מהר יותר בחיידקים (בסביבות 42 עד 54 זוגות בסיס בדקה, הגובלת באחת בשנייה) כמו באיקריוטים (בערך 22 עד 25 זוגות בסיס בדקה). לבסוף, בעוד שמנגנוני סיום של חיידקים מתוארים לעיל, באיקריוטים, שלב זה כולל גורמי סיום ספציפיים, כמו גם גדיל של RNA המכונה פולי-A (כמו בבסיסי אדנין רבים ברציפות) "זנב". עדיין לא ברור אם הפסקת התארכות מעוררת את מחשוף ה- mRNA מהבועה או שמא המחשוף עצמו מסיים בפתאומיות את תהליך ההארכה.