תוֹכֶן
על ידי נשימה חמצן אטמוספרי נדרש על ידי כל צמחים ובעלי חיים יבשתיים ומימיים לנשימה: פירוק של תרכובות אורגניות לפחמן ואנרגיה הנחוצות לתחזוקה ולגידול התאית. צמחים ובעלי חיים מחזירים אז חמצן לאטמוספירה, לאדמה או למים, אם כי ישנם דרכים רבות לביצוע חמצן, בעיקר על ידי אינטראקציה עם מולקולות אחרות באדמה ובמים.
אוויר, קרקע ומים
באטמוספירה של כדור הארץ יש ריכוז חמצן של 21 אחוז והיסוד מסתובב במהירות בין צמחים, בעלי חיים לאווירה דרך פוטוסינתזה ונשימה. במים, החמצן נע לאט הרבה יותר, ולכן צריכת חמצן דרך הנשמה לרוב עולה על הייצור באמצעות פוטוסינתזה, וכתוצאה מכך משמרת מדי יום את ריכוזי החמצן המומסים. באופן דומה, חדירת החמצן לאדמה רוויה איטית בהרבה מאשר באדמה יבשה, מה שמוביל לריכוזי חמצן שונים באזורים שונים של האדמה. זה, בתורו, משפיע על העברת חמצן נוספת.
פוטוסינתזה
בפוטוסינתזה, דו תחמוצת הפחמן האטמוספרי מומרת לגלוקוז בתוך עלי הצמחים. חמצן הוא תוצר לוואי של פוטוסינתזה ומשתחרר על ידי הצמחים חזרה לאטמוספירה. ניתן לשחרר אותו גם דרך מערכת השורשים, ומספק חמצן לאדמה. צמחייה מימית שקועה ופיטופלנקטון משחררים חמצן המיוצר במהלך פוטוסינתזה למים. צמחים יבשתיים וגם ימיים הופכים חמצן לזמינה לנשימה על ידי צמחים ובעלי חיים אחרים.
נשימה
נשימה היא תהליך סלולרי המבוצע על ידי צמחים ובעלי חיים כאחד. במהלך הנשימה משתמשים בחמצן מולקולרי לפירוק תרכובות פחמן אורגניות. אצל בעלי חיים, הפחמן הזה מגיע מהמזון שהם צורכים, ואילו הפחמן בצמחים מתקבל במהלך פוטוסינתזה. נשימה הדורשת חמצן מכונה נשימה אירובית והיא מורכבת מחמצן המקבל אלקטרונים מפחמן. ניתן להשתמש באלמנטים שאינם חמצן כדי לקבל אלקטרונים מפחמן, אם כי הם פחות יעילים.
הנשמה אנאירובית
החמצן מספק את המרב ביותר לצמחים, לבעלי חיים ולמיקרובים במהלך הנשימה. עם זאת, כאשר כל החמצן במים או באדמה רוויה נצרך, ישנם מיקרובים שיכולים להחליף תרכובות אחרות חמצן, כולל ברזל, מנגן, חנקתי וסולפט, בתהליך המכונה נשימה אנאירובית. נשימה אנאירובית שכיחה בקרקעות יבשות, המוצפות לעתים קרובות ובעלות ריכוזי חמצן נמוכים יותר מאשר קרקעות יבשות יותר. כאשר החמצן חוזר שוב על האדמה או המים, הנשימה האירובית מתחילה שוב.