תוֹכֶן
הסכנות הבריאותיות הכרוכות בחשיפת יתר לארגון הינן מינימליות. אבל זהו מחלחל פשוט, כך שבמקרים של סרטינים שחרור של נפח גדול של ארגון יכול להוות סכנה של חנק. ארגון אינו דליק ואינו מגיב. אם מיכל ארגון מחומם או מנוקב, המיכל עלול להיקרע ולגרום לפגיעה גופנית. ארגון הוא יסוד שקיים כגז בצורתו הטבעית. ארגון הוא גז חסר צבע ונטול ריח.
שאיפה
שאיפת כמות קטנה של ארגון אינה צפויה לגרום לתופעות בריאותיות שליליות. אולם, במידה וישנה סביבה חסרת חמצן הנגרמת כתוצאה משחרור של כמות גדולה של ארגון, במיוחד במרחב מוגבל, אדם עלול לחוות תסמינים כמו כאב ראש, צלצול באוזניים, סחרחורת, נמנום, חוסר הכרה, בחילה, הקאות, דיכאון של כל החושים. הסתגרות בסביבה חסרת חמצן למשך זמן ממושך יכולה אפילו להיות קטלנית.
האוויר שאנו נושמים מכיל בדרך כלל כ -21 אחוז חמצן. בשיעור של 12 עד 16 אחוז חמצן, נשימתו של הדופק וקצב הדופק גדלים והתיאום השרירי מופרע מעט. אנשים חווים התרגשות רגשית, עייפות לא תקינה ונשימה מופרעת בשיעור של 10 עד 14 אחוז חמצן; ובחילה, הקאות, התמוטטות ואובדן הכרה בשיעור של 6 עד 10 אחוז. מתחת ל -6 אחוז חמצן, אנשים יכולים לפתח תנועות עוויתות וקריסת נשימה; הם יכולים למות.
קשר עור או עין
אם ארגון דחוס משתחרר במהירות ממיכל ישירות לעיניים או לעור, הוא עלול לגרום לכוויות קור, לפציעה או לנזק על ידי הקפאה, מה שעלול להתקדם מאודם ראשוני ועקצוץ לגנגרנה אם לא מטפלים בו.
סכנת אש
טנקים של ארגון עשויים להתפוצץ בחום של שריפה בגלל לחץ מוגבר במיכל.
חוסר תאימות
ארגון הוא למעשה אינרטי ואינו מגיב עם חומרים כלשהם בתנאים רגילים. החל משנת 2009, נמצא כי ארגון מהווה רק תרכובת אחת, ארגון פלואורואידריד, ולכן משתמשים בו לעתים קרובות כאשר יש צורך באווירה אינרטית.
השפעות סביבתיות
ארגון יתפזר באוויר בתנאים סביבתיים רגילים. זה לא מזיק לחיים מהצומח ובעלי החיים. ארגון אינו גורם לתופעות שליליות לסביבה מימית.