על פי אתר אוניברסיטת ויסקונסינס ביו-ווב, פריימר PCR הוא אוליגונוקלאוטיד סינתטי קצר (בדרך כלל בין 18 ל -25 בסיסים) המשמש להגברת אזורים ספציפיים של DNA בטכניקה של ביולוגיה מולקולרית המכונה תגובת שרשרת פולימראז (PCR). דרושים פריימר קדימה וגם הפוך, המיועדים להיות השלמות הפוכות של גדיל ה- DNA, כדי לאגף ולהיקשר לאזור ה- DNA הרצוי. כאשר מדענים רוצים לבצע מחקר על גן או אזור ספציפי של DNA, הם צריכים קודם לבצע PCR כדי לרכוש מספיק מאזור היעד לעבוד איתו. תכנון רצפי פריימר לאזור המעניין עשוי להיות נחוץ אם הם כבר לא זמינים באמצעות מחקר שפורסם בעבר או באמצעים מסחריים.
השג את רצף הנוקלאוטידים של הגן או אזור ה- DNA המעניין והחליט כמה זמן שבר תרצה להעצים. הפריימר קדימה ואחורית נועד לקשור בתחילתו ובסוף השבר הרצוי. בדרך כלל, בשיטות PCR קונבנציונאליות משתמשים בפריימרים המאגפים אזור שבין 100 ל -1,000 זוגות בסיס ואילו בשיטות PCR בזמן אמת משתמשים בשברים בערך 50 עד 200 זוגות בסיס.
החליט היכן ברצף אתה רוצה שהפריימרים ישקרו. לדוגמה, ייתכן שתרצה את המיקום בסמוך לקצה 5 או 3 ברצף או באמצע. אם תרצה, יש לייעד את מיקום הפריימרים לרוחב אינטרון.
עקוב אחר ההנחיות המומלצות לעיצוב פריימר. הגברה מוצלחת של מוצר ה- DNA תלויה באיכות הפריימרים ומשתנים מסוימים הם קריטיים.
עיצוב פריימרים באורך 18 עד 24 בסיסים. וינסנט ר. פרוזיוסו, דוקטור, מ- Brinkmann Instruments Inc., מציע כי אורך זה ארוך דיו כדי להיות ספציפי במיוחד לאזור ה- DNA הרצוי, אך קצר דיו בכדי להיקשר (לחשוף) בקלות. טמפרטורת ההתכה של פריימר (Tm) צריכה להיות בין 55 עד 80 מעלות צלזיוס, נמוכה מספיק כדי לאפשר התכה מלאה בגובה של מעל 90 מעלות צלזיוס, אך גבוהה מספיק כדי לאפשר חישול. תוכן ה- GC (אחוז ה- G ו- C ברצף) צריך להיות בין 40 ל- 60 אחוז. הקצה 3 של רצף הפריימר צריך להסתיים ב- C או ב- G (המכונה מהדק GC) כדי לקדם קישור, מכיוון שלגרעינים ה- G וה- C יש קשרים חזקים יותר, עם זאת, הימנע מלהיות שלושה או יותר Gs או Cs בחמשת הבסיסים האחרונים של הרצף.
הימנע מריצות של ארבע או יותר מבסיס אחד (כמו ACCCC ...) או ארבע חזרות די-נוקלאוטידים או יותר (כמו ATATATAT ...) מכיוון שהן עלולות לגרום להטעה לא נכונה.תכננו פריימרים ללא הומולוגיה תוך-פריימר (יותר משלושה בסיסים שמשלימים בתוך פריימר האחד עצמו) או הומולוגיה בין-פריימר (כאשר לפריימר קדימה ואחורית יש רצפים משלימים). זה יכול לגרום לדימרים עצמיים או לפריימר-דימר, כאשר הפריימרים נקשרים לעצמם במקום להיקשר לרצף ה- DNA הרצוי.
השתמש במקורות ובאתרים מקוונים המסייעים בתכנון פריימר או עוזרים לבדוק רצפי פריימר לצורך השלמה עצמית או פוטנציאל ליצור מבנים משניים כמו סיכות שיער. אתרי אינטרנט מסוימים לעיצוב פריימר כוללים את מכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס Primer3, המרכז הלאומי למידע על ביוטכנולוגיה פריימר-פיצוץ וטכנולוגיות DNA משולבות OligoAnalyzer.