תוֹכֶן
במאה ה -19, הטקסונומיה - סיווג היצורים החיים - הייתה כל הזעם בביולוגיה. גם אנשי טבע טבע חובבים וגם מקצועיים היו כל כך נקלעים לשיגעון האיסוף והזיהוי של יצורים, שחיפושיות נדירות היו מצרכים חמים. באותה תקופה, מעט מאוד היה ידוע על מיקרואורגניזמים ועל מקומם בעולם היצורים החיים, והסיווג של המיקרוביולוגיה לא זכה לתשומת לב רבה כל כך. בעשורים שחלפו בין השנים נרשמה עלייה דרמטית בידע של חיידקים ובשיטות לזיהוי מיקרואורגניזמים, כאשר חלק מהעלייה הזו הוכחה על ידי סיווג יעיל של מיקרואורגניזמים.
רכיבי הטקסונומיה
לטקסונומיה שלושה מרכיבים: שמות, סיווג וזיהוי. Nomenclature הוא פשוט להקצות שם למין. סיווג מקבץ מינים יחד על פי מאפיינים משותפים - חלקם פיזיים וחלקם ביוכימיים. זיהוי משתמש בתכונות של אורגניזם כדי לקבוע לאן הוא שייך בתכנית סיווג. לתכנית הטקסונומית המודרנית יש את התחומים הגדולים והכוללים ביותר שלה. הקבוצה הקטנה ביותר היא המין. מהכלול ביותר לספציפי ביותר, הרמות פועלות כך: תחום, ממלכה, פילום, מעמד, סדר, משפחה, מין ומינים. אתה, למשל, אוקארה חיה קורדיטה ממליה פרימייט Hominidae Homo sapiens.
מיקרואורגניזמים ודומיינים
מיקרואורגניזמים הם מגוונים ביותר. הם אינם מוגדרים על ידי סוג מסוים של מבנה או פונקציה, אלא פשוט על פי גודלם. מיקרואורגניזמים הם כל כך מגוונים שהם נופלים בשלושת הסיווגים השונים ברמה העליונה - כל שלושת התחומים. תחום אחד הוא חיידקים, השני הוא archaea והגמר הוא eukarya. כל חברי תחומי החיידק והארכאאה הם מיקרואורגניזמים חד תאיים. שני התאים הם ללא קרומים המפרידים בין החומר הגנטי שלהם לשאר התא - ממברנות המגדירות גרעין. אז כל הממלכות, הפילה, המעמדות, המסדרים, המשפחות, הז'אנרים והמינים בתחומי החיידק והארכאאה הם מיקרואורגניזמים.
פרוטסטים חד-תאיים
אוקיוריה הם אורגניזמים שתאיהם מכילים גרעין. אורגניזמים אוקריוטים רבים הם מיקרו-אורגניזמים חד-תאיים, אך רבים אחרים - כמו עצי אדמה או אתה - אינם כאלה. לכן יש צורך בסיווגים נוספים. הממלכה פרוטיסטה בתחום אוקראיה מורכבת ממיקרואורגניזמים חד-תאיים בלבד. המפגינים מופרדים לשלוש קבוצות שונות של תפילות: ארבע תפילות אצות שונות, ארבע תאי פרוטוזואה שונים ושתי תפילות עובש שונות. אבל כל האורגניזמים שבתוך הפילה האלו - כולם בתוך הממלכה פרוטיסטה - הם מיקרואורגניזמים.
פטריות מיקרוסקופיות
ממלכת פטריות כלולה בתחום אוקראיה. חלק מהפילה בתוך הפטריות מכילות מיקרואורגניזמים. לדוגמה, הפילום זיגומיקוטה מכיל תבניות לחם מיקרוסקופיות, והפילום אסקומיקוטה מכיל שמרים, ומזיקי יבול וטפילים מיקרוביאליים. ליטשים הם מכלול סימביוטי של פטרייה ואורגניזם פוטוסינתטי - הכלול בחלקו בתוך ממלכת הפונגי ובחלקו בממלכות אחרות, או אפילו בתחומים אחרים.