תוֹכֶן
סביבות מים מתוקים וים מסמנים הפסקה ראשונית במערכות אקולוגיות מימיות; סביבות ימיות מכילות רמת מליחות גבוהה (ריכוז מלח) ואילו אזורי מים מתוקים בדרך כלל מכילים פחות מאחוז.מערכות אקולוגיות של מים מתוקים כוללות בריכות ואגמים וכן נהרות ונחלים. מערכות אקולוגיות ימיות כוללות אוקיינוסים ושוניות אלמוגים.
בריכות ואגמים
בריכות ואגמים הם עדיין דומם יחסית של מים עם מעט או ללא זרם, מבודדים בדרך כלל מגופי מים אחרים כמו נהרות ואוקיאנוסים. הם מחולקים לשלושה אזורים מובחנים: ליטורליים, לימנטיים ועומקיים. אזור החוף מהווה את הקרוב ביותר לחוף. עם חשיפה גבוהה לאור שמש ומים רדודים, זהו בדרך כלל האזור המגוון ביותר מבחינה ביולוגית באגם או בבריכה מסוימים, והוא מכיל כמה מינים של דו חיים, ציפורים מימיות, סרטנים, חרקים, דגים ואצות, כמו גם צמחים צפים ושורשים. האזור הלימנתי כולל את שטח האגם / הבריכה שנמצאים רחוק מהחוף ועם זאת הקרוב ביותר לפני השטח של המים. אזור זה פחות מגוון מאזור ליטורלי, אך לא פחות מהאזור העמוק בגלל רמת החשיפה הגבוהה שלו לשמש. האזור העממי כולל את האזור העמוק ביותר בבריכה או באגם. החיים התומכים נשלטים כמעט אך ורק על ידי פירוק חיידקים ופלנקטון.
נהרות ונחלים
נהרות ונחלים הם גופי מים זזים שזורמים ממקור, כמו מעיין או קרחון נמס, אל פה, שיכול להיות באוקיאנוס, נחל או נהר גדול יותר או סוג מאגר אחר. כשהמים עוברים ממקור לפה, הסביבה של המערכת האקולוגית משתנה באופן דרסטי. מקורו של נחל או נהר הוא בעל הרמה הגבוהה ביותר של טוהר ותכולת חמצן. לאורך דרכו, המים הממהרים אוספים פסולת בזרם; כשהמים מגיעים לפה, המים נעשים עכורים. כתוצאה מכך אור שמש מעט חודר אל פני השטח וחיי הצמח הם נדירים. מיני דגים כמו שפמנון משגשגים באזורים אלה, מסוגלים לשרוד בתנאים של חמצן נמוך.
אוקיינוסים
אוקיינוסים הם חלק מהמערכות האקולוגיות המגוונות והמרחיבות הגיאוגרפית ביותר על פני כדור הארץ. מערכות אקולוגיות של האוקיאנוס מחולקות לארבעה אזורים: בין-צבי, פלגתי, דו-קרקעי ו אביססל. האזור הבין-זמני כולל את האזורים שבהם מי האוקיאנוס פוגשים יבשה. אזור זה דינאמי מאוד בגלל הפעולה המתמדת של הגאות והשפל. ככלל, גיוון המינים גבוה יותר באזורים בין-זמנוניים שלרוב הם שקועים במים. בדומה לאזור הלימטי באגמים, האזור הפלאגי כולל את האוקיאנוס הפתוח הרחק מהחוף אך קרוב יותר לפני השטח של המים. אזור דגים מגוון, צמחים ימיים ויונקים גדולים יותר. אזורי בנטיקה ותהום מהווים את האזורים השנייה והעמוקה ביותר באוקיינוס, בהתאמה. בגלל לחץ קיצוני, חושך וטמפרטורות קור, אזורים אלה מכילים צורות חיים שונות מאוד. כדי לשרוד מחסור מוחלט באור שמש, צמחים וחיידקים באזור אביסלאס קוצרים אנרגיה כימית מפיצוחים תרמיים מתחת לפני השטח של קרקעית האוקיאנוס.
שוניות אלמוגים
מערכות אקולוגיות של שונית אלמוגים ממוקמות בים; אך בשל הרכבם הפיזי והביולוגי הם נבדלים מאוד ממערכות אקולוגיות ימיות אחרות. שוניות אלמוגים נוצרות במים רדודים עם טמפרטורות חמות. רבות ממערכות אקולוגיות אלה נוצרו לאורך חופי היבשות. למרות שזה אולי נראה כמו סלע ענק, שונית אלמוגים מורכבת למעשה ממושבות חיות חיות שמתקבעות את עצמן בקליפה קשה וסידן פחמתי. למושבות אלה יש קשר סימביוטי עם זואקסנטלות, סוג של אצות ששניהם חיים בתוכם ומספקים מזון לאלמוגים. למרות שהם מקיפים שטח מועט יחסית, שוניות האלמוגים הן חלק מהמערכות האקולוגיות המגוונות ביותר ביולוגית על פני כדור הארץ. מגוון עצום של ספוגים, סרטנים, כלניות ים, דגים, אצות, צמחי מים וחרקים חיים אך ורק במערכות אקולוגיות של שוניות האלמוגים.