תוֹכֶן
ניתן לחלק את שיטות הספירה במיקרובים לארבע קטגוריות. שיטות ישירות כרוכות בספירת החיידקים ואילו שיטות עקיפות כוללות הערכה. שיטות בת-קיימא סופרות רק תאים הפעילים במטבולית, בעוד שהספירה הכוללת כוללת תאים מתים ולא פעילים.
ישיר / בר-קיימא
שיטה ישירה / בת-קיימא כוללת ספירת צלחות סטנדרטית, בה נספרים דילולים חוזרים של מדגם כדי לחשב את הספירה במדגם המקורי.
עקיף / בר-קיימא
שיטות עקיפות / קיימות כמו MPN (המספר הסביר ביותר) כרוכות בביצוע מסקנה סטטיסטית לגבי ספירת החיידקים על בסיס דפוסי צמיחה.
ישיר / סה"כ
החיידקים נספרים בעזרת כתמים וצבעים ניאון, אשר הופכים את החיידקים לגלויים בעזרת מיקרוסקופ פלואורסצנטי.
עקיף / סה"כ
ספקטרוסקופיה היא סוג של ספירה עקיפה / מוחלטת, הכוללת הערכת כמות החיידקים על בסיס כמות האור המועברת בתרבות על ידי ספקטרופוטומטר.