תוֹכֶן
חיידקים צורכים חומר אורגני ותרכובות אחרות וממחזרים אותם לחומרים שיכולים לשמש אורגניזמים אחרים. חיידקים יכולים לחיות בכל מקום שיש בו מים. הם רבים יותר, יכולים להתרבות מהר יותר ויכולים לשרוד תנאים קשים יותר מכל אורגניזם אחר בכדור הארץ. הביומסה העצומה שלהם, הרבגוניות והיכולת למחזר את היסודות הכימיים הופכים אותם למרכיב חשוב במערכות האקולוגיות. זה נכון במיוחד בסביבות קיצוניות, בהן חיידקים מבצעים עבודה שנעשית בדרך כלל על ידי מגוון של אורגניזמים.
עיכול חיידקי
חיידקים כימותרוטרופיים מקורם בפחמן ובאנרגיה שהם צריכים כדי לשרוד מחומר אורגני. חיידקים אלה הם מפורקים, מעכלים את מזונם על ידי שחרור אנזימים לסביבה הסובבת אותם. האנזימים מפרקים חומר אורגני לתרכובות פשוטות, כמו גלוקוז וחומצות אמינו, הניתנות לספיגה על ידי החיידק. מכיוון שהעיכול מתרחש מחוץ לתא החיידק, הוא מכונה עיכול חוץ-תאי. חיידקים אחרים, הנקראים כימואוטוטרופים, מקבלים את האנרגיה שלהם מכימיקלים אנאורגניים והפחמן שלהם מפחמן דו חמצני, או מתרכובת קשורה. פוטו-אוטוטרופים משיגים אנרגיה מאור. חיידקים אלה אינם מפרקים חומר אורגני אך חשובים לרכיבה על רכיבים תזונתיים.
רכיבה על אופניים ופחמן
חיידקים הם מרכיב מרכזי במחזורי הפחמן והחנקן. בדומה לצמחים, גם פוטו-אוטוטרופים וכימואוטוטרופים מוציאים פחמן דו-חמצני מהאוויר וממירים אותו לפחמן סלולרי. משמעות הדבר היא שהפחמן הופך להיות קבוע, או משוכלל, בחיידקים. כימותרוטרופים ממלאים תפקיד הפוך במחזור הפחמן, ומשחררים פחמן דו חמצני לסביבה כאשר הם מתפרקים חומר אורגני. חיידקים מקבעים חנקן, כמו ציאנובקטריה, משלבים חנקן מהסביבה בחומצות אמינו וחומר סלולרי אחר. חלק מקיבועי החנקן יוצרים קשרים סימביוטיים עם צמחים, ומספקים להם חנקן ומקבלים פחמן בתמורה. כימותרוטרופים ממלאים תפקיד חיוני במחזור החנקן מכיוון שעיכול חוץ-תאי של חומר אורגני משחרר חנקן מסיס לסביבה, שם הוא יכול להילקח על ידי צמחים וחיידקים מקבעים חנקן.
ביופילם
חיידקים מצוידים טוב יותר לפירוק חומר צמחי קשוח מאשר סוגים אחרים של פירוקים. חיידקים יוצרים מושבות, המכונות ביו-פילמים, עם מיני חיידקים אחרים, פטריות ואצות. החיים בביופילם מספקים הגנה ומאפשרים שיתוף של חומרים מזינים וחומרים גנטיים. ביו-סרטים מתחילים את תהליך הפירוק במערכות אקולוגיות רבות. בנחלים ואגמים רבים חסרי חוליות מים מתוקים רבים אינם יכולים להשתמש בעלים עד ש"ביצועים "על ידי ביופילם. מיזוג מיקרוביאלי מרכך עלים על ידי פירוק תרכובות כימיות מורכבות, כמו ליגנין ותאית. זה מקל על העיכול של חסרי חוליות. ביו-סרטים מספקים את אותו סוג של שירות במערכות אקולוגיות יבשתיות.
תנאים אנאירוביים
רוב האורגניזמים זקוקים לחמצן כדי לשרוד, אך לא תמיד חמצן זמין בסביבה. סביבות חסרות חמצן נקראות אנאירוביות. סביבות שיכולות להיות אנאירוביות כוללות את קרקעית האוקיאנוס, שכבת עלים על רצפות יער ואדמה. סביבות אנאירוביות יכולות להיגרם כאשר חמצן אינו יכול לנוע דרך חומר, למשל באדמה ארוזה בצפיפות, או כאשר חיידקים צורכים חמצן מהר יותר ממה שניתן להחליפו. למרבה המזל, פירוק ורכיבה על אופניים מזינים מסוגלים להמשיך בהיעדר חמצן. מיקרובים רבים מסוגלים להחליף חמצן עבור חומרים אחרים, כגון חנקות ויוני סולפט. יש קבוצות כמו מתנוגנים, המייצרים מתאן, אינן יכולות לסבול חמצן כלל.