תוֹכֶן
למרות שכוחות טבע יכולים להרוס או להתאמץ על אוכלוסיית בעלי חיים, הפעילות של האדם גרמה יותר ויותר לסכנת חיים. יש להודות כי כמה בעלי חיים וצמחים, ובמיוחד כאלה מבויתים כמו גידולים, בעלי חיים וחיות מחמד, נהנו ואף פרחו מהשינויים שהאדם עשה. עם זאת, חלק מאוכלוסיות בעלי החיים הועמדו תחת לחץ אדיר כתוצאה משינויים אלה, ובמקרים מסוימים האוכלוסיות יורדות לרמות נמוכות משמעותית. אוכלוסיות קטנות או אורגניזמים עם תפוצה מוגבלת רגישים ביותר לגורמים הגורמים לסכנה, בין אם הם מסתמכים על המובן הרגיל של המילה או על הגדרת המינים בסכנת הכחדה המגולמת בחוק הפדרלי.
אובדן בית גידול
אחד הגורמים המשמעותיים ביותר לבעלי חיים בסכנת הכחדה הוא אובדן בתי גידול. בעוד בית הגידול עלול לאבד בגלל כוחות טבע (שינויי אקלים, שינויים גיאולוגיים), חלק גדול מהבית הגידול שאבד היום נובע מפעילות אנושית. בניית סכרים, כבישים מהירים, תעלות, עיור וחקלאות משפיעים באופן דרמטי על תושבי המערכות האקולוגיות הילידיות. אפילו כאשר חלקים ממערכת האקולוגית נותרים שלמים ויוצרים "איים", בית הגידול שהתקבל עשוי להיות קטן מדי או לפיזור נרחב מדי לתמיכה במין.
מינים פולשניים
מינים פולשניים הם אחת הסיבות הביוטיות העיקריות לסכנת בעלי חיים. מינים רבים המגיעים למערכת אקולוגית חדשה אינם מותאמים בצורה לא טובה ומתים במהירות. עם זאת, מינים מסוימים מסוגלים לנצל את המערכת האקולוגית לרעת האורגניזמים הילידים. מערכות אקולוגיות קטנות כמו אלו באיים מושפעות משמעותית מהכנסת מינים פולשים אך אפילו אוכלוסיות ילידיות יבשות ואוקיאניות יכולות להיות הרסות באמצעות תחרות או טורפים על ידי הפולש.
ניצול יתר של משאבים
דיג יתר על סוג דגים מסוים הוא גורם ברור ומישיר לחיה להסתכן. אך אורגניזמים אחרים במערכת האקולוגית עלולים להיפגע (או להועיל) על ידי ניצול יתר של מין מסוים. לדוגמא, החשש שמאפר הים הימי בקליפורניה הרס את אוכלוסיית התלמידים הוביל להרוג חסר הבחנה של לוטרי הים, ושינה את מאזן התחרות הביוטית בין מספר אורגניזמים. צמצום לוטרי הים הביא לפיצוץ באוכלוסיית קיפודי הים שרעה על צומת האצות. כשהאצות התפרקו מהתחתית ונשטפו לחוף, אורגניזמים שהיו תלויים ביערות האצות הושמו תחת מתח מוגבר.
פתוגנים ומחלות
התפשטותם של בעלי חיים מבויתים הפיצה גם את המחלות הקשורות אליהם לאזורים חדשים בעולם. בחלק מהמקרים המחלות הדביקו אוכלוסיות ילידיות אשר לא היו עמידות מועטה לפתוגן הפולש. מחלות אלה עשויות להגיע לרמות מגיפה באוכלוסיית הילידים, תוך צמצום מספרן.
זיהום סביבתי
זיהום בצורות רבות סכן בעלי חיים רבים. הדברה וכימיקלים אחרים המוחדרים למערכת אקולוגית עלולים לפגוע משמעותית במינים לא ממוקדים. לדוגמה, DDT שנהג להילחם נגד יתושים נקשר בסופו של דבר לירידות בשיעור הרבייה של הציפורים. צורות אחרות של זיהום כמו זיהום תרמי, אור ורעש יכולות כל אחת להפחית את שיעורי ההישרדות של אוכלוסיות בעלי חיים מקומיות.