האטומים כה קטנים עד שקשה למוח האנושי להבין את גודלם. כל דבר ביקום הגלוי מורכב מאטומים, אך כמות האטומים באותו עניין אינה מדהימה. מדהים עוד יותר הוא העובדה שהאטומים עצמם אינם אפילו חלקיקים יסודיים, אלא מורכבים מחתיכות חומר קטנות עוד יותר המכונות קווארקים. אחת הדרכים לאפיין את גודל האטום לתלמידים היא לקחת חפץ קטן יחסית ולהראות להם שבתוכו יש כמות מדהימה של אטומים.
תאר אטום, כולל שלושת החלקים העיקריים (אלקטרונים, פרוטונים ונויטרונים), וכן את העובדה שהאטום הוא בעיקר שטח ריק.
בחרו בעצם קטן יחסית והמחישו שהוא מכיל כמות כמעט בלתי נתפסת של קווארקים. על פי נתוני אוניברסיטת אילינוי, ראש סיכה ממוצע מכיל כ -500 מיליון מיליון אטומים.
דנו כיצד האטומים אינם הקטעים הקטנים ביותר של חומר ידוע; הפרוטונים והנויטרונים באטומים מורכבים מחלקיק קטן עוד יותר שנקרא קווארק.
המחישו שהאטומים מאופיינים בגודל ביחס זה לזה. זה נעשה על ידי השוואה בין ההמונים שלהם. אטום מקבל את המסה שלו מהפרוטונים והנויטרונים בגרעין שלו (אלקטרונים פחות יחסית להמסה לעומת חלקיקים מבוססי קווארק).