תוֹכֶן
כתמים מערביים הם אחד ההליכים הנפוצים ביותר במעבדות ביוכימיות. בעיקרון, הוא מפריד חלבונים מדגימה לפי גודל, ואז בודק באמצעות נוגדנים כדי לקבוע אם קיים חלבון נתון. זה מועיל לא רק במחקר אלא גם במעבדות רפואיות או אבחנות; בדיקות הן ל- HIV והן למחלת ליים, למשל, כוללות בדיקת חיסון הקשורה לאנזים (ELISA) ואחריה כתם מערבי אם ה- ELISA בוחן חיובי. עם זאת, למרות הפופולריות שלה, לנקות מערבית יש מספר חסרונות.
לא כמותית
כתמים מערביים קלאסיים אינם כמותיים. במילים אחרות, בעוד שהם יכולים לומר לחוקרים אם חלבון מסוים קיים, הם אינם מאפשרים לכמת כמה מהחלבון קיים. כמה חברות ביו-טק מוכרות כעת ערכות המאפשרות לחוקרים או טכנאים במעבדה לכמת את כמות החלבון הקיימת באמצעות עקומה סטנדרטית - אך זה עובד רק אם קיימים דוגמאות טהורות של אותו חלבון. יתרה מזאת, ניתן להעריך את משקלו המולקולרי של חלבון רק באמצעות כתם מערבי, ולא לקבוע אותו בדיוק כמו בספקטרומטריה המונית.
נוגדנים
ניתן לבצע כתם מערבי רק אם קיימים נוגדנים ראשוניים כנגד החלבון המעניין. בעוד שנוגדנים לחלבונים רבים ושונים זמינים מחברות ביו-טק, הם אינם זולים; אם נוגדנים ראשוניים אינם זמינים לחלבון נתון, לא ניתן יהיה לבצע כתם מערבי המחפש את אותו חלבון מסוים. יתרה מזאת, החוקרים עשויים לרצות לקבוע אם חלבון עבר שינוי בדרך כלשהי - אם הוא עבר זרחן (הייתה מחוברת אליו קבוצת פוספטים), למשל - ובטכניקת הכתם המערבי הם זקוקים לנוגדנים ספציפיים לשינוי חלבון.
אימונים
זה יכול להיות מאתגר לבצע כתם מערבי כמו שצריך ולקבל תוצאות טובות, ולכן הצוות חייב להיות מאומן היטב.בזה כמו בהרבה אחר, הניסיון הוא אולי המורה הטוב ביותר; אולם אפילו לטכנאי מנוסה, כתם מערבי גוזל זמן. חלק האלקטרופורזה בג'ל מהניסוי, למשל, ייקח בדרך כלל שעה עד שעתיים לרוץ. ניתן לבצע משימות אחרות בזמן שהג'ל פועל, כמובן, אך עדיין לוקח זמן רב לניסוי להגיע לתוצאות.
מגבלות אחרות
נוגדנים עשויים לפעמים להציג קשירה מחוץ למטרה, מה שעלול לגרום לתוצאות גרועות יותר. יתר על כן, עם כתם מערבי אתה משתמש בנוגדן נגד חלבון ספציפי, כך שהתוצאות שלך יגידו לך רק אם חלבון זה היה קיים. לעומת זאת, ספקטרומטריה המונית ברזולוציה גבוהה חושפת את כל החלבונים הקיימים במדגם, ובניגוד לכתמים מערביים קלאסיים היא כמותית. חשוב לזכור, כמובן, כי ספקטרומטריה המונית יקרה בהרבה וגם מאתגרת יותר מבחינה טכנית בהשוואה לכתמים מערביים.