תוֹכֶן
החיים פרחו ביערות הגשם בקוסטה ריקה ובסביבות הימיות (אפשר למצוא בקוסטה ריקה אחד מכל 20 מכל מיני הצמחים ובעלי החיים), אך ישנם גם למעלה ממאה מינים באיחוד הבינלאומי לשימור טבע ומשאבי טבע בסכנת הכחדה רשימת מינים. יערות יערות, המרת בתי גידול וזיהום הם האשמים מאחורי הנחתה של מינים רבים.
יונקים
בקוסטה ריקה יש אחת מאוכלוסיות העטלפים העשירות בעולם, המורכבת ממחצית אוכלוסיית היונקים. מיני העטלפים ברשימה נעים בין העטלפים הספקטרליים הטורפים הגדולים ועד העטלף הלבן של הונדור, באורך של כ 37-47 מ"מ בלבד, אם כי שניהם בעלי סיכון נמוך. פלינים כמו החתול המנומר הקטן, הקוגר של קוסטה ריקה ויגואר מרכז אמריקני נרדפו מבתי הגידול שלהם, וטמרין הכותנה, הכותל המעוטב והפרימוסים של קופי העכביש של ג'ופרויס הצטמצמו מאוד. יונקים מאוימים נוספים כוללים את הנמלים הענקיים, צבי סמבר ותפיר Bairds.
ציפורים
בקוסטה ריקה הם 894 מינים של ציפורים, יותר מאשר בארצות הברית ובקנדה יחד. מתוכם, למעלה מ- 600 הם תושבי קבע, ביניהם גם המטרייה בעלת הצוואר החשוף, הגואן השחור והמחטב הכחול וזהב, אך ציפורים כמו הלוחם הגרביני והזרזול האלגנטי נודדות. פינק האי קוקוס שוכן באי קוקוס 360 מיילים מחופי קוסטה ריקה. זהו היחיד מבין פינקי הדארווינים שאינם אנדמיים לחלוטין לגלאפגוס. ציפורים מאוימות אחרות כוללות מינים מוכרים כמו העיט (נשר בודד שחור), ערבה (ערבה ירוקה נהדרת), יונק דבש (דבש דבש מנגרוב) ותוכי (תוכי אדום קדמי).
זוחלים ודו-חיים
איגואנה בעלת זנב קוצני זנב קוצני וצב בוץ צר-גשר הם כמה מהזוחלים שמצויים בסכנת הכחדה, אך ישנם דו חיים רבים יותר מאוימים, שרובם צפרדעים או סלמנדרות אשר בדרך כלל מיוצגים על ידי מגוון רב בסביבות יערות הגשם. צפרדע עלה הלמור וטרפרטה Starretts מופיעות בסכנת הכחדה ביקורתית. כך גם סלמנדרה תולעת של אל Empalme ושני מינים של קרפדות: קרפדת פיקו בלאנקו ועוברת קרפדת רגליים גדולות. קרפדת הזהב של מונטה ורדה לא נראתה מאז 1989 ונחשבת נכחדה.
דג
מרבית הדגים בקוסטה ריקה המופיעים ברשימת המינים בסכנת הכחדה הם כמעט מאוימים או פגיעים.אלה כוללים את גרופר הזית, סוסון הים השקט וכריש הכתר. מספר קרניים מופיעות גם ברשימה, כמו הקרן החשמלית המצויה באוקיאנוס השקט וקרן הקאוזוזה שבאוקיאנוס האטלנטי.
חסרי חוליות
ישנם מספר צללים בסכנת הכחדה, חרקים שנראים דומים לשפולים. אלה כוללים מינים עם גב שחור, מוארך, צ'יריקיטה, קקאו ורוונטזון. רבים מהחרקים האחרים שנמצאים בסכנת הכחדה הם שפיריות מנופחות כמו לימון, דבורה, קטגו, הר געש, אלג'ואלה ומינים קרניים. שני מינים של סרטני מים מתוקים ומספר אלמוגים ימיים היוו גם הם את רשימת IUCN.
צמחים
ישנם מעל 9,000 מינים של צמחים ידועים בקוסטה ריקה. צמחים בסכנת הכחדה כוללים בני משפחת קטניות כמו אברמה וכף האגן, והאחרון מהם שואב את שמו מהפרי הדומה לאנס. ישנם גם 24 מינים של צמח הפריחה eugenia, תשעה מינים של quararibea הצומח הארומטי ושני מינים של הסוג וירולה, הקשורים קשר הדוק למוסקט האגוז ויש לו פרחים צהובים עם ריח חריף. ז'אנרים גדולים מאוימים אחרים כוללים את האלמוג, קריוספילה של דקל האוהד וסידרלה העץ הנשיר ירוק או ירוק בעונה יבשה. הג'טרופה הקוסטה ריקנית, עץ המנילקה ועץ gavilán blanco הם מינים צמחיים מאוימים במיוחד.