תוֹכֶן
מיקרואורגניזמים דומים לאורגניזמים מורכבים יותר בכך שהם זקוקים למגוון חומרים מסביבתם כדי לתפקד ולהשיג שתי יעדים ראשוניים - לספק מספיק אנרגיה כדי לנהל את התהליכים שלהם ולחלץ אבני בניין כדי לתקן את עצמם או ליצור. בנוסף למה שהם לוקחים, מיקרואורגניזמים משגשגים גם בסביבות מסוימות. סביבות אלה שונות ככל שהאורגניזמים עושות את עצמן, ואפילו הכמות והתפוצה של היסודות בסביבה מסוימת יכולה להיות חשובה מאוד. מדענים משתמשים במידע זה כדי לגדל מיקרואורגניזמים במעבדות לצורך ניסויים.
תזונה
כל המיקרואורגניזמים זקוקים למזון. מקורות המזון עשויים להשתנות, אך האורגניזמים מחלצים בעיקר פחמן וחנקן מחומרים כמו חלבונים, שומנים ופחמימות. ישנם מיקרואורגניזמים המחפשים וקולטים חלקיקים כאלה. אחרים עשויים לבצע תגובות כימיות עם אלמנטים מסביב כמו פחמן דו חמצני כדי להשיג את מה שהם צריכים, בעוד שאחרים יכולים לייצר סוכרים פשוטים משלהם באמצעות פוטוסינתזה הדומה לצמחים. חנקן, המשמש לסינתזת חלבונים, ניתן לקחת מהאטמוספרה שמסביב או מחומר אורגני אחר.
טמפרטורה
באופן כללי, ככל שהטמפרטורה גבוהה יותר, כך מיקרואורגניזמים יכולים בקלות רבה יותר לצמוח לנקודה מסוימת. טמפרטורות גבוהות מאוד ונמוכות מאוד שניהם מעכבים את תהליכי האנזים שמיקרואורגניזמים תלויים בכדי לשרוד, אך מינים בודדים של מיקרואורגניזמים צמחו והעדיפו רמות שונות של טמפרטורה. מדענים בדרך כלל מחלקים אותם לשלוש קבוצות שונות: פסיכופילים, מזופילים ותרמופילים. פסיכופרופילים מעדיפים טמפרטורות 0 עד 5 מעלות צלזיוס; מזופילים אוהבים את זה באמצע, 20-45 מעלות צלזיוס; ותרמופילים אוהבים את זה חם, משגשג בטמפרטורות סביב 55 מעלות או מעל.
רמות pH
מיקרואורגניזמים מעדיפים גם רמת pH מסוימת בחומר או בסביבה בה הם צומחים - כלומר הם מעדיפים להיות בעלי תכונות חומציות מסוימות בסביבתם. מרבית המיקרואורגניזמים, כולל מרבית הפתוגנים האנושיים, הם נויטרופילים, אורגניזמים המעדיפים רמת pH ניטרלית. חלקם אוהבים רמות pH גבוהות, אך לרוב, אם התנאים חומציים מדי, אז אנזימי האורגניזמים מתפרקים.
לחות
הזרימה החופשית של מים חיונית למיקרואורגניזמים כדי שהתאים שלהם יחליפו חומרים ותהליכים מטבוליים שלהם. כל המיקרואורגניזמים דורשים רמה מסוימת של מים, אך מעטים יכולים לשרוד בתנאי לחות נמוכים על ידי שמירה על כל המים שהם מוצאים ועל ידי שהייה בסביבה עשירה בלחות. ככלל, ככל שככל שיש יותר לחות, יימצאו יותר מיקרואורגניזמים.
אלמנטים בהווה
בנוסף למים, מיקרואורגניזמים דורשים בדרך כלל נוכחות של אלמנטים מסוימים באוויר - גזים שהם סופגים כדי לייצר חומרים תזונתיים נחוצים. חנקן הוא גורם חיוני אחד, כמו גם חמצן. ישנם מיקרואורגניזמים רבים שדורשים סביבה עשירה בחמצן כדי לשרוד, אך אחרים למעשה פורחים בסביבה דלה בחמצן. בין שני הקצוות הללו נמצא מגוון רחב שעשוי להעדיף פחות או יותר חמצן ויוכל לפרוח באותה מידה לא משנה כמה חמצן קיים.