תוֹכֶן
"אתה לא יכול לראות את היער בשביל העצים" נכון גם באופנים רבים יותר. מאפייני המערכות האקולוגיות של היער נעים בין הברורים - עצים עצומים - ליצורים מוסווים - מוסווים, מוסתרים בענפים או שנחפרו מתחת לפני האדמה - למיקרואורגניזמים וחומרים מזינים בלתי נראים.
הגדרת המערכת האקולוגית של היער, למעשה, כוללת את כל המרכיבים החיים התלויים והלא תלויים זה בזה של קהילת יער וסביבתם, ומתפקדת כמערכת מאוזנת.
שכבת חופה
חופת העצים, אולי התכונה המובחנת ביותר של יער, ממלאת תפקידים רבים במערכת האקולוגית של היער. הענפים והעלים - או המחטים, במקרה של עצי מחט - מספקים צל וחיץ מרוח, גשם ושלג לצמחים והיצורים שמתחתם. החופה מציעה גם מקומות מסתור וקינון עבור מינים מסוימים של עופות ויונקים דביקים, דו-חיים, זוחלים וחסרי חוליות.
דוגמה למערכת אקולוגית של יער היא יער גשם טרופי. כמה חיות יערות גשם טרופיים חיים את כל חייהם בחופה, ולא נוגעים בקרקע. ביערות גשם טרופיים וממוזגים, בהם שפע הלחות או הערפל האטמוספרי, שרכים אפיפטיים, טחבים וצמחים אחרים - כולל סחלבים ביערות גשם טרופיים - גדלים ללא שורשים בחופה.
ביערות קדחתיים תלויים גרבונים ירוקים ושחורים מענפים. ביערות הגשם הטרופיים יש גם שכבה מתהווה, בה עצים בגורד גורדי השחקים נועצים מעל החופה.
שכבה מבינה
הרובד המעודן של יער נשיר ממוזג פורח עם עצים ושיחים קטנים יותר וסובלניים לצללים, כולל עצי גידול כלבים, גבעות אדומות, אזליות ופטל שחור, שרבים מהם מספקים מזון לבעלי חיים כמו תרנגולי הודו ואיילים.
יערים גזעיים, אדר גפן ושיחי יער גדלים גם ביערות גשם ממוזגים. יערות בוריים מחשיכים את ההכרה שלהם כל כך עמוקה, עד שהם נוטים להיות דלילים יותר, למעט היכן ששולי היער פוגשים שטח פתוח.
עצים וצמחים בשטח יער הגשם הטרופי כוללים עצי דקל קצרים יותר, שרכים וצמחים כמו התאנה החונקנית המטפסת על עצים גדולים יותר כדי לחפש אור שמש; יגוארים וצפרדעי עצים חיים בפינות גזעי עצים. כאשר פחות קרינת שמש מגיעה אליו, שכבת היער המוכרת נוטה להיות לחה יותר מהחופה.
שכבת קרקע
באביב ביערות נשירים ממוזגים, שמיכה פרחי בר צבעוניים, חלופי-חלוף, דרך שפן העלים, ותופסת את הכישוף הקצר והחם והשטוף לפני שהחופה גולשת החוצה.
ביערות גשם ממוזגים, עצים שנרקבים לאט הופכים לעצים מטפלים או יומני אחות לעצים חדשים, גם הם מייצרים בתים לדו-חיים ומכרסמים; שרכים, טחבים, שרפרפים ופטריות אחרות שופעים. מתחת לעצי המחטלים המוצלים בצפיפות באזורים מסוימים של טייגה, טחבים דלילים ושטיחי חזזית באדמה, אוכמניות וגמדות גמדיות מאכילות דובים ובעלי חיים אחרים.
מזג האוויר הקר יותר אינו מאפשר לחיידק להתפרק למשך זמן רב והחומציות של מחטות מחטניים מאטה גם את הפירוק, כך שחומר צמחי מת מצטבר.
אור שמש קטן חודר גם לרצפת יער הגשם הטרופי, אך מזג אוויר חם ולח פירושו פירוק מהיר; צמחיית האדמה הדלילה יחסית כוללת טחבים וכבדי כבד.
קרקע ושכבה תת קרקעית
סוגי הקרקע ביערות שונים משתנים מאוד. ביערות נשירים ממוזגים וטרופיים, האדמה נוטה להיות אמורה, עשירה בחומוס ופוריה מאוד מהעלים שנפלו ומתפרקים ומוסיפים אדמה אורגנית וחומרים מזינים לאדמה, מפורקת על ידי פטריות, חיידקים "בלתי נראים" וחסרי חוליות ותולעי אדמה, אשר גם אווררו את האדמה.
ב"אור "- אורן וגשר - יערות טאגה, מחטי עצי מחט שנפלו הופכים את האדמה לחומצית ועוינת לצמחים רבים; מים דולפים במהירות חומרים מזינים דרך האדמה המסכנה. קרקעות של יערות טייגה "כהים" - אשוחית ומכוהל - עשירים יותר בתזונה.
ביערות גשם טרופיים פירוק מהיר פירושו כי חומר אורגני מועט נשאר באדמה הענייה המזינה בדרך כלל.
בכל היערות שורשי העץ והצמחים מתפשטים עמוק באדמה כדי להכניס מים וחומרים מזינים חיוניים, כולל חנקן, קבועים על ידי חיידקים. במקום שיש עונת חורף, בעלי חיים רבים - כולל יונקים עם חורף, שינה-חיים, דו-חיים, חרקים וזוחלים - מתחפרים מתחת לאדמה למקלט ואוכל במערכות אקולוגיות של יער.