מהנדס אזרחי משתמש כמעט בכל צורה של מתמטיקה בנקודת זמן מסוימת כדי לבצע את עבודתה. משתמשים באלגברה על בסיס יומיומי, ומהנדסים רבים יצטרכו להתמודד עם משוואות דיפרנציאליות, סטטיסטיקה וחישוב מדי פעם. חלק לא מבוטל מהזמן של מהנדסים אזרחיים אינו מבלה בביצוע מתמטיקה, אבל כשמגיע הזמן המהנדסים האזרחיים צריכים להיות נוחים מאוד עם כל צורות המתמטיקה, במיוחד אלה העוסקים בפיזיקה.
מהנדסים אזרחיים צריכים להשתמש במשוואות מתמטיקה הנגזרות מכימיה על בסיס יומי. משוואות כימיה משמשות למדידת חוזק החומרים, ועל מהנדסים להשתמש במשוואות אלה כדי לבחור את החומר המתאים לפרויקט.
מהנדסים אזרחיים משתמשים בטריגונומטריה לעיתים קרובות בעת סקר מבנה. המדידות עוסקות בגבהים יבשתיים כמו גם בזוויות מבנים שונות.
הפיזיקה מקבלת רול ענק בתפקיד מהנדס אזרחי. משוואות פיזיקה מיושמות על כל זוויות הבעיה ההנדסית כדי לוודא שהמבנה שנוצר הולך לתפקד כמו שצריך. כאשר מתוכנן גשר, משתמשים בפיזיקה בכדי להבין כמה גדולים צריכים להיות המזחים התומכים, כמו גם כמה עבות יש לעמודות הפלדה בגשר, וכמה מהן יש להתקין. משוואות פיזיקה בדרך כלל משתמשות באלגברה, חישוב וטריגונומטריה.
יש להשתמש במיומנויות בסיסיות במתמטיקה כמו חשבונאות וסטטיסטיקה בשלב התכנון של כל פרויקט. להבין את הצד הכספי של פרויקט הוא חלק חשוב מתפקידו של מהנדס אזרחי והוא צריך להבין כמה פרויקט יעלה למשקיעים שלו.