תוֹכֶן
מיקרואורגניזמים שנמצאו בביוב מקורם בשני מקורות - פסולת אדמה ותברואה. במיליליטר ביוב אחד מכיל בדרך כלל בין 100,000 למיליון מיקרואורגניזמים, לפי אתר המכללה הקהילתית Mountain Empire. בעוד שרוב האורגניזמים הללו, כמו סוגים שונים של חיידקים, ממלאים תפקיד מרכזי בפירוק הפסולת ונחשבים למרכיב בלתי נפרד מחומר אורגני, חלקם הם פתוגניים, או נושאי מחלות, ומהווים איום על האיים הציבוריים.
חיידקים טפיליים
חיידקים הם אורגניזמים חד-תאיים המתפשטים בחומר תלוי, כמו בוצה. כאשר הם נתקלים באספקה של חומרים מזינים, הם ניזונים על ידי הכנסת מזון ישירות דרך דופן התא ומתרבה במהירות. בין סוגים רבים של חיידקים בביוב, הסוגים הנפוצים ביותר הם קוליפורמים צואתיים, שמקורם במעיים אנושיים ונעים דרך הפרשות אנושיות. חיידקים טפיליים אלו דורשים אורגניזם חי, או מארח, ואספקת מזון זמינה.
חיידקים פתוגניים
צורות ספציפיות של חיידקים טפיליים מייצרים רעלים הגורמים למחלות באורגניזם המארח. סוגים אלה של חיידקים פתוגניים עשויים להשתחרר על ידי אנשים הסובלים מדיזנטריה, כולרה, חום בטיפוס ומחלות אחרות במעיים. פתוגנים שנמצאים בדרך כלל בשפכים כוללים סלמונלה, שיגלה, אי קולי, סטרפטוקוקוס, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium ו- Giardia Lamblia, על פי אתר מועצת איכות המים והבריאות. התפרצויות של שיגלוזה נבעו מפי רכיכה של מים מתוקים שזוהמו בזרימת מי שפכים, כפי שהועברו על ידי המרכז האמריקני לבקרת מחלות ומניעה. בגלל גידול האוכלוסייה והגדלת הפרשות לשפכים, השפע הנוצר של חיידקים פתוגניים מכריע תהליכים טבעיים של פירוק ודילול.
חיידקים Saprophytic
חיידקים ספראופיטים טורפים חומרים אורגניים מתים, המסייעים בפירוק הפסולת לתוצרי לוואי אורגניים ואורגניים. חיידקים אלה ממלאים תפקיד קריטי בטיפול בשפכים על ידי הקלה או האצה של תהליך הפירוק של חומר אורגני. ללא פירוק חיידקים saprophytic עשוי לא להתרחש. המינים השונים של חיידקים זעירים מתים לאחר שמילאו את חלקם בשלב הריקוד הרלוונטי.
וירוסים
בין החיידקים הנמצאים בביוב נמנים נגיפים, שהם אורגניזמים טפיליים הדורשים חומר חי להאכיל, לצמוח ולהתרבות. נגיפים פתוגניים הקיימים בשפכים כוללים פוליו ודלקת כבד. נגיף מעיים שונים, כגון קוקסקי, נגיף אדנו-איי-או, או יתום אנושי ציטופתי אנושי, נמצאים גם בשפכים. סוג נפוץ אחר של נגיף בביוב, שמטפל בחיידקים אך לא בבני אדם, ידוע בשם פאג 'או בקטריופאג'. בניגוד לחיידקים, מספר הנגיפים הפתוגניים בביוב הוא קטן. וירוס זיהומי בודד עשוי להתקיים בקרב מיליון מוערכים של חיידקים קוליפורמיים, על פי אתר מכללת קהילת Mountain Empire.