תוֹכֶן
ניתן לסווג את המאובנים לחמישה סוגים, על בסיס תהליך השימור שלהם. כאשר אורגניזם קבור על ידי משקעים, הוא עלול להשאיר מאובן מאובנים אם המשקעים יהפכו לסלע. הרשמים שהשאיר אורגניזמים בסלע אינם חומר מקורי כמו רקמות ושלד מהיצור. החומר האורגני מוחלף, הופך או מתמוסס לאורך זמן גיאולוגי.
Permineralization
לאחר קבורה של אורגניזם ניתן לפלוש לשטחים הריקים על ידי מי תהום. אם המים עשירים במינרלים הם ישקעו החוצה או יתגבשו באותה צורה כמו האורגניזם. הגבישים ממלאים ומחליפים את האורגניזם שמתמוסס. אם האורגניזם מתפורר באטיות, אז יכולים להיווצר עוד גבישים, המספקים רמת פירוט גבוהה יותר.
תבניות ויציקות
לעתים קרובות, האורגניזם מוסר לחלוטין לאורך זמן על ידי פירוק או ריקבון. חללים שנוצרו ככל שנעלם האורגניזם יכולים להתמלא משקעים. ברגע שהאורגניזם נעלם, נותר רק רושם בסלע. אם מאובן הוא אימם שלילי מבחוץ האורגניזם, נוצר עובש. אם האורגניזם מתמלא על ידי משקעים, אז הוא צוות שחקנים.
התגבשות מחדש
אם לא מוסרים חומר אורגני, ניתן לשנותו ולהפוך לחלק מהמאובנים. החום והלחץ מהקבורה בתוך המשקעים יכולים לשנות את מבנה החומר המקורי מהאורגניזם. סידן בעצמות יכול להתגבש מחדש לקלציט או לארגוניט. התרכובות באורגניזם המשובצות מחדש מסודרות מחדש ליצירת מינרלים חדשים. התגבשות מחדש מתרחשת לרוב בעצמות או בקליפות עשירות בסידן.
פחמן
דברים חיים מכילים כמויות גדולות של פחמן. כאשר הם קבורים ודחוסים הם יכולים להפוך לתבניות שחורות כהות של האורגניזם המקורי. חום ולחץ עז סוחט את המאובנים ומעוות אותו. עם מספיק לחץ ולחץ נוצר פחם. מאובני עלים צמחיים נמצאים ללא מעוות אך מוגזים מכיוון שהם מונחים שטוחים והם דו מימדיים. החומר אינו מוסר על ידי פחמן, אלא משתנה.
ביו-איפור
צורות חיים לפעמים צומחות זו על זו. חיים ימיים כמו אלמוגים יוצרים מבנים שזורים זה בזה שלרוב צורכים או מקיפים חתיכות אחרות של אלמוג או ספוג ים. עוברים או חללים יכולים להשאיר מאחור בתוך שרידי המאובנים של האלמוגים, שהם עצמם מאובנים נפרדים. אורגניזם ללא קליפה קשה ישאיר אחריו חללים ריקים ביצור הגדול יותר הסובב אותו.