תוֹכֶן
ההבדלים העיקריים בין גברים לנקבות הם כרומוזומי X ו- Y. בקרב בני אדם, שני כרומוזומי X יוצרים אישה, וכרומוזום X ו- Y יוצרים גבר. עם זאת, ישנם תכונות שונות המבדלות בין כרומוזומים אלה. כמה הבדלים כוללים גודל, מספר גנים ואפילו זיווג כרומוזום חריג. בכמה מינים, לבעלי חיים מערכת קביעת מין שונה, מכיוון שהם משתמשים בכרומוזום Z ו- W.
גנים עובדים
בעוד שכרומוזום ה- Y הגברי וכרומוזום ה- X הנשי נבדלים זה מזה בגודלם, הם משתנים גם במספר הגנים העובדים בכרומוזום. כרומוזום ה- X מכיל יותר מאלף גנים עובדים, וכרומוזום ה- Y פחות ממאה גנים עובדים. למרות שלזכר יש כרומוזום X, הוא מתנהג בצורה שונה מאוד כאשר יש כרומוזום X אחר בהשוואה להתנהגותו כאשר כרומוזום Y קיים. מבין הגנים העובדים בכרומוזום X, 200 עד 300 הם ייחודיים למין, כך שרק 700 עד 800 מהגנים העובדים הם משותפים ופעילים בקרב גברים וגם נשים.
גודל
הגודל האמיתי של הכרומוזומים שונה בין זכרים לנקבות. נמצא כי כמה זוגות כרומוזומים אצל גברים גדולים יותר מאלו שבנקבות כאשר נבדקו כרומוזומי כבשים. ההבדלים בגדלים הכרומוזומים עשויים להיות המפתח להסבר הבדלים מסוימים בין המינים שלא מוסברים על ידי כרומוזום X או Y.
טמפרטורה
ישנם מינים, כמו לטאות, עש, ציפורים ותולעים שטוחות, יש גנים שונים לקביעת המין מאשר X ו- Y. גנים אלה הם Z ו- W. הגנוטיפ ZZ מייצר זכרים, וה- ZW מייצר נקבות. קביעת המין בחלק מהמינים הללו מכוונת לפי הטמפרטורה. ידוע על טמפרטורות גבוהות המכתיבות את מין החיה. לדוגמה, טמפרטורות דגירה גבוהות לביצי תנין מקדמות גנוטיפים של גברים, ZZ. עם זאת, בלטאות רבות ובצבים רבים, טמפרטורות הדגירה הגבוהות מעדיפות את נקבה הגנום הנקבי, ZW.
חריגות במין
ישנן מספר תסמונות שיוצרות חריגות בבידול המין. נקבות עם כרומוזום X אחד בלבד סובלות מתסמונת טרנר, ואם הילדה שורדת לידה היא תחווה צמיחה לא תקינה ותהיה קטנה מאוד, עם קפלי עור נוספים בצוואר. תסמונת טריפל X מופיעה אצל נשים עם כרומוזום X נוסף. אלה ידועים כנקבות סופר ונוטים להיות דומים לנקבות עם שני כרומוזומי X. גברים שנולדו עם שני כרומוזומי X וכרומוזום Y סובלים מתסמונת קלינפלטר. גברים אלה נוטים להיות נשיים מאוד ויכולים אפילו להשמיע קולות גבוהים. תסמונת XYY מתרחשת כאשר לגברים יש כרומוזום Y נוסף. אלה ידועים כגברי על ונוטים לייצר טסטוסטרון הרבה יותר מאשר גברים טיפוסיים.