תוֹכֶן
כל צורות החיים המוכרות למין האנושי שייכות ל"מלכות "כביכול, אך לא תמיד קל לדעת מדוע צורת חיים שייכת לממלכה נתונה ולא אחרת. הממלכות פרוטיסטה ומונרה מכילות שניהם צורות חיים חד-תאיות, אך הן נבדלות זו מזו.
גרעין
ההבדל העיקרי בין מונרנים לפרוטסטים טמון בגרעין שהוא "מרכז הפיקוד" של תא. למונרנים אין גרעין אמיתי, בעוד שלמחאה יש גרעינים הקשורים בקרומים הגרעיניים שלהם. מדענים מסווגים אורגניזמים בעלי גרעינים אמיתיים כאוקריוטים ואורגניזמים בלעדיהם כפרוקריוטים.
מורכבות
מעבר לכלילת גרעין אמיתי, המפגינים מורכבים יותר מבחינה ארגונית מאשר מונרנים. מפגינים מציגים תכונות הנקראות אברונים שיש להם עבודות שונות בתא ועשויים להציג שיטות תנועה גלויות. למונרים אין תכונות מסוג זה.
גודל
גדלים של מינים שונים בתוך כל ממלכה משתנים, אך בדרך כלל המפגינים גדולים יותר ממונרים. פרוטסטים נראים לעיתים אפילו עם זכוכית מגדלת בלבד. מונרנים בדרך כלל קטנים בהרבה מזה. עם זאת, חיידקים כחולים-ירוקים, השייכים למונרה, גדולים יותר.