תוֹכֶן
ההשפעה העיקרית של הרס בתי גידול היא צמצום המגוון הביולוגי, המתייחס למגוון ושפע של מינים שונים של בעלי חיים וצמחים בסביבה מסוימת. כאשר בעל חיים מאבד את הבית או בית הגידול הטבעי שהוא זקוק לו כדי לשרוד, מספרו יורד במהירות, והוא נע לעבר הכחדה. ההערכה היא כי 14,000 עד 35,000 מינים נמצאים בסכנת הכחדה והשמדת בתי גידול היא אחד הגורמים העיקריים לכך.
האבקה ופיזור זרעים
צמחי הבר וגם החקלאות תלויים בהאבקה להתרבות. פירות וירקות, המרכיבים העיקריים בתזונה האנושית, תלויים בדבורים ובחרקים אחרים כדי להעביר אבקה מפרח לפרח. כאשר הרס בתי גידול מצמצם את זני המאביקים הללו, גם יבול היבול צונח. לדוגמא, דבורים חסרות עוקץ בקוסטה ריקה המקננות רק ביערות מגדילות את התנובה במטעי קפה הממוקמים בסמוך לכתמי יער ב 20 אחוז. צמחים רבים מסתמכים גם על בעלי חיים, במיוחד אלה שאוכלים פרי, לפיזור הזרעים. השמדת בית הגידול של בעלי חיים מסוג זה יכולה להשפיע קשות על מיני הצמחים התלויים בהם.
ויסות אקלים
המגוון הביולוגי משפיע על האקלים בעיקר באמצעות ויסות כמות הפחמן הדו-חמצני באטמוספרה. הרס בתי גידול ביער מקטין את היכולת של היערות לספוג פחמן דו חמצני. קצב הגידול והעורנות של צמח קובע את קצב תחלופת הפחמן שבתוכו. דפוסי נוף חשובים גם מאחר וניתוק ההפחתה בפחמן בקצוות של שברי יער. מערכות אקולוגיות ימיות ממלאות גם הן תפקיד משמעותי בהפרשת פחמן.
הדברת מזיקים ומחלות
מזיקים לרוב מכוונים לסוגים מסוימים של צמחים. כאשר נהרס בתי הגידול ומגוון הצומח מצטמצם, הסביבה מכילה יותר סוג של צמח מסוים. זה מקל על התפשטות המזיקים. מגוון הצומח מספק בתי גידול למגוון גדול יותר של חרקים ובעלי חיים אחרים ולאויבים הטבעיים של המזיקים. מחלות צמחיות פטרייתיות חמורות יותר באזורים מונוקולטוריים בהם מעובד סוג אחד של יבול.
אפקטים עקיפים
ייצור מזון, ביגוד ומקלט לבני אדם תלוי בדרכים עקיפות רבות במגוון הביולוגי של מערכות אקולוגיות. מגוון גבוה של גידולים חקלאיים מגן על החקלאים מפני כשלים ביבול. הרס בתי גידול וצמצום מגוון המינים יכולים להפוך את המערכות האקולוגיות לפגיעות יותר למינים פולשים ולהשפיע בעקיפין על בריאות ורווחת האדם. השפעת המינים הפולשניים ממחישה את מה שקרה כאשר הוצג בס באגם גאטון, פנמה. נוכחות הבס הביאה להפחתת טורפים של זחלי יתושים ולעלייה בשכיחות המלריה.