תוֹכֶן
DNA
חומצה דהוקסיריבונוקלאית וחלבונים. ה- DNA מסודר ליחידות הנקראות גנים, שכל אחת מהן מקודדת עבור RNA או רצף חלבון מסוים. הגנים נלמדים בכדי ללמוד על המבנה והתפקוד הביולוגי, האבולוציה, המחלה והיבטים רבים אחרים של מערכות החיים. כדי לחקור את הגנים בפירוט, יש לבודד את ה- DNA ולהיטהר מתאים בעלי עניין.
עקירת DNA
למרות שניתן לחלץ וללמד DNA מ- תא בודד, זה לא מספיק לראות בעין בלתי מזוינת. כדי להשיג כמות המספיקה לשטיפה, ככל שתצטרך לעבוד יותר עם התאים (מיליונים רבים).
פרוטוקולים מדויקים משתנים במידה ניכרת כדי להסביר את המאפיינים הייחודיים של דגימות ספציפיות, אך הצעדים הכלליים הם הומוגניזציה, תמוגה, עיכול, הפרדה ואיסוף. ההליך מתבצע בצורה הטובה ביותר בצינור זכוכית או פלסטיק קטן (תלוי בגודל המדגם).
מדגם מעורבב או מורכב בדרך כלל כדי להפריד ביסודיות בין התאים זה לזה. זה הופך את רכיבי התא לנגישים יותר לריגנטים הבאים. לאחר מכן מתווספים דטרגנט או אנזימים להומוגנאט בכדי להמיס את קרומי התא (והממברנות הגרעיניות אם התאים הם אוקיארוטים) כדי לשחרר את ה- DNA. בשלב זה ה- DNA מוקף בחלבונים, ליפידים, פחמימות --- כל שאר הדברים שהיו בתאים.
עיכול אנזימטי נוסף עשוי להיות נחוץ לפירוק חלבונים כך שהם לא נקשרים ל- DNA ומפריעים לאיסוף שלו. ה- DNA מופרד משאר תכולת התא על ידי הוספת אלכוהול קר, טהור, אתילי או איזופרופיל. ה- DNA אינו מסיס באלכוהולים אלו ולכן יתעבה וינסה למזער את המגע שלו עם האלכוהול. לאחר מכן נאספו ה- DNA המעובה, בדרך כלל על ידי צנטריפוגה --- או באמצעות סליל.
Spooling DNA
איסוף DNA על ידי שפיכה יעיל כאשר מתקבלת כמות גדולה של DNA מהליך מיצוי. זוהי גם שיטת הדגמה מצוינת מכיוון שנראה בבירור סבך מרשים של DNA טהור.
כדי לדחוף את ה- DNA יש לבצע את שלב ההפרדה בזהירות. אם זה לא היה חלק מתערובת המגיב ליזה שהוספה בעבר, יש להוסיף לתמיסה תמיסת מלח מרוכזת (נתרן כלוריד) לפני שלב הוספת האלכוהול. האלכוהול הקר מוזג לאט לאט לצד צינור המבחן ליצירת שכבה על גבי התמיסה המימית, ונמנע מערבוב. אם נעשה נכון, האלכוהול יהווה שכבה משלו על גבי השכבה המלוחה. ואז מגיעה ההנעה.
כדי לאסוף את ה- DNA מהשכבה המלוחה, הניחו בזהירות מוט מערבבים זכוכית בשכבת האלכוהול עד שהוא נוגע בתחתית הצינור. סובב לאט את המוט בין האצבעות תוך כדי צפייה בממשק בין שתי השכבות. אם קיים מספיק DNA, הוא יתקפל יחד בממשק בין שכבות ליצירת מסה שקופה חלבית. סובב את המוט כדי לעטוף את ה- DNA סביבו (זה החלק המזרז) ומשוך אותו מהצינור. ניתן להעביר את ה- DNA לצינור אחר של אלכוהול טהור לצורך אחסון או ניתוח נוסף.